У спрэчках пра прынцыпы аб'яднання, што працягваліся з варшаўскага сойма 1563 г., польскі бок па-ранейшаму дамагалася поўнай інкарпарацыі, высылаючыся на старыя "спісы" ўніі, а уполномоченые пасольствы Вялікага Княства не прызнавалі іх і цвёрда стаялі на раўнапраўным звязе дзвюх самастойных дзяржаў. У 1566 г. на Берасцейскім сойме пра неабходнасць найскорага аб'яднанне нагадвалі каралю амбасадары моцна пацярпелага ад вайны Віцебскага ваяводства. Пад цяжарам вайны на соступки змушаны былі ісці і першыя роды Княствы - толькі б адбіцца ад маскоўскага цара ! 
У 1558 г. Іван Грозны пачаткаў вайну з Лівоніяй. Вялікі магістр Ордэна Г. Кеттлер звярнуўся да Вялікага князя Літоўскаму і каралю Польскаму Жыгімонту II Аўгусту (1548 - 1572 гг.) з просьбай пра дапамогу. У выніку Ордэн быў падзелены на дзве часткі: Курляндскае герцагства і літоўска-польскую правінцыю Інфлянты. Курляндскі герцаг прызнаў сябе васалам Вялікага князя Літоўскага. У сувязі з гэтым цар пачаў вайну супраць Вялікага княства Літоўскага. У 1563 г. узяў Полацак і стаў называцца «Вялікім князем Полацкім». Ён заняў паўночна-усходнюю Беларусь, яму адкрыўся шлях на сталіцу княства. Дзяржава апынулася на грані палітычнага краху і ваеннай катастрофы, пад пагрозу было пастаўлена само яго існаванне. Сумесны сойм сенатараў і амбасадараў ад Кароны і Княства, скліканы на снежань 1568 г. у Люблін, пачаў працу толькі 10 студзеня 1569 г. Ён адразу выявіў раней прынцыповыя разыходжанні ў разуменні прынцыпаў обьединения. Літоўскі бок праводзіў раду асобна. Партыя Радзівілаў супрацьстаяла польскаму ўнітарнаму праекту. У студзені 1569 г. у Любліне адкрыўся агульны сойм. Працягваўся ён шэсць драматычных месяцаў. Кожны бок ставіў свае ўмовы, якія не прымаліся іншай. Убачыўшы пагрозу гвалтоўнага зняволення ўніі на непрымальных умовах, амбасадары Вялікага княства Літоўскага пакінулі горад. Тады польскі бок прадэманстраваў сілу. Жыгімонт Аўгуст II выдаў указ пра далучэнне да Польскага каралеўства Падляшша, Валыні, Падоліі і Кіеўшчыны, у выніку чаго амаль палова тэрыторыі Вялікага княства Літоўскага адышла да Польшчы. Аказаць супраціў Польшчы княства не магло. У гэтых умовах была зроблена спроба пачаць перамовы з Іванам IV пра свет, але яна была безвыніковай. У гэтых умовах дэлегацыя Вялікага княства Літоўскага змушана была вярнуцца ў Люблін і 1 ліпеня 1569 г. падпісаць акт уніі ў той форме, якую прапанавала Польшча.
У адпаведнасці з гэтым актам Польскае Каралеўства і Вялікае княства Літоўскае аб'ядноўваліся ў адну дзяржаву - Рэч паспалітая . Адзінага васпана меркавалася абіраць на агульным сойме, абвяшчаючы яго Каралём Польскім, Вялікім князем Літоўскім, Рускім, Прускім, Мазавецкім, Жамойцкім, Кіеўскім, Валынскім, Подляшскім і Інфлянскім. Асобнае абранне Вялікага князя Літоўскага спынялася. Правы палякаў у княстве і жыхароў княства ў Польшчы ўраўноўваліся. Для абмеркавання агульнадзяржаўных спраў прадугледжваліся агульныя соймы. Люблінская ўнія моцна абмяжоўвала суверэнітэт княства, але яго дзяржаўнасці канчаткова не ліквідавала. Яно захавала сваё войска, судовую сістэму, адміністрацыйны апарат, друк з Пагоняй. Абедзве часціны мовы Паспалітай мелі самастойныя назвы і да канца XVII у. - дзяржаўныя мовы. У княстве такім быў беларускі.
У выніку Люблінскай уніі Польшча атрымала вялікія магчымасці для правядзення вялікадзяржаўнай палітыкі ў стаўленні насельніцтва Вялікага княства. Палітыка Рэчы паспалітыя па насаджэнні на беларускіх землях каталіцызму і правядзенню паланізацыі дапоўнілі дыферэнцыяцыю беларускага грамадства этнорелигиозной дэзінтэграцыяй. Полонизаторские працэсы прывялі да адрыву ад беларускай этнічнай агульнасці яе інтэлігенцыі, вышэйшых пластоў, чым абцяжарылі працэс фармавання і развіцці адзінага народа. Процідзейнічаць гэтым з'явам было цяжка. Сенат Рэчы паспалітыя складаўся пераважна з польскіх прадстаўнікоў. У сойме, дзе са ста васьмідзесяці амбасадараў толькі сорак шэсць даводзілася на Вялікае княства, з іх на беларускія паветы - трыццаць чатыры.
Нароўні з палітычнымі абмежаваннямі беларуская шляхта адчула і эканамічныя абмежаванні. Яна не магла атрымліваць землі ў тых рэгіёнах, што былі далучаны да Польшчы. Польская ж шляхта стала актыўна карыстацца правам набыцця маёнткаў у княстве. Усё гэта з'явілася асновай сепаратысцкіх і нават антыпольскіх настрояў у Беларусі ў 70 - 90 гг. XVI у. Было нямала прыхільнікаў парыву звяза з Польшчай, якія вялі барацьбу за незалежнасць сваёй дзяржавы. У гэты перыяд рэгулярна склікала свае соймы ВКЛ. У 1581 г. была створаны вышэйшая інстанцыя - Трыбунал, а прыняцце ў 1588 г. свайго збору законаў - Статуту - па істоце зводзіла на нішто некаторыя становішчы Люблінскай уніі.
У 1572 г. памёр Жыгімонт II Аўгуст, апошні Польскі Кароль і Вялікі князь Літоўскі з дынастыі Ягелонаў, які займаў трон па праве ўспадкоўвання. Пасля яго каралі сталі абірацца соймам, што часта прыводзіла да так званых бескоролевьям, якія цягнуліся ад смерці аднаго манарха да абрання іншага. Пасля чарговага бескоролевья на пасад быў абраны Стэфан Баторый (1576 - 1586 гг.). У 1579 г. войскі Рэчы паспалітыя пад кіраўніцтвам Стэфана Баторыя ўзялі Полацак, Вяліж, Усвяты і Вялікія Лукі, у 1582 г. пачалі абложваць Пскоў, але заняць яго не атрымалася. У 1582 г. Лівонская вайна завяршылася Ям-Запольским светам, па якім да Рэчы паспалітай перайшла ўся Лівонія, Полацак і Веліж.
У канцы XVI - першай чвэрці XVII у. У кіравальных кругах Рэчы паспалітай была папулярнай ідэя далучэння да яе Маскоўскага княства. Яе падтрымлівалі і вялікакняжацкія палітыкі, якія разлічвалі, што ў новай велізарнай еўраазіяцкай дзяржаўнай адукацыі княству будзе прыналежаць што лідыруе роля. Ад дыпламатычных спосабаў ажыццяўлення гэтай ідэі - вылучэнні на трон рэчы паспалітай кандыдатуры Івана IV і яго сына Фёдара ў 1573 і 1587 гг. - перайшлі да ваенных паходаў Лжедзмітрыяў на ўсход у 1604 і 1607 гг. У ваенную кампанію 1609 г. войска Рэчы паспалітыя вярнула ў склад княства Смаленск, а ў 1610 - 1612 гг. авалодала самай Масквой, але было выгнана народным апалчэннем пад кіраўніцтвам Д. Пажарскага і К. Мініна. У вайне 1633 - 1634 гг. Расія паспрабавала ўзяць рэванш за Смаленск, але патрывала няўдачу, і Палянскі свет пакінуў межы ранейшымі. Тым не менш, у канцы XVI - першай палове XVII у. дамінантная роля ва Ўсходняй Еўропе перайшла ад Вялікага княства Літоўскага, а затым Рэчы паспалітыя, да іх суперніка - Маскоўскай дзяржаве.
Войны на тэрыторыі Беларусі ў сярэдзіне XVII ст
У 1648 - 1651 гг. у Беларусі ішла антыфеадальная вайна, якая разгарнулася ў сувязі з пачаткам паўстання пад кіраўніцтвам гетмана Б. Хмяльніцкага на Ўкраіне. У вызваленчай вайне ўкраінскага народа Б.Хмяльніцкі і яго старшыны, імкнучыся стварыць уласную дзяржаву, планавалі ўключэнне ў яго земляў паўднёвага ўсходу Беларусі -Падняпроўя і Палесся. Ужо ўвесну 1648 г. у гэтыя раёны накіроўваюцца агітатары, неўзабаве з'яўляюцца і казацкія атрады.
Улетку 1648 г. поўдзень і ўсход Беларусі былі ахоплены барацьбой казацка-сялянскіх атрадаў супраць шляхты, купцоў, магнатаў і каталіцкага духавенства. Казацкія атрады Крывашапкі, Гаркушы, Галавацкага і іншых палкоўнікаў мелі ў сваім складзе шмат беларусаў, у першую чаргу выхадцаў з найбеднага сялянства і мяшчанства. З-за паланізацыі вярхоў феадальнага грамадства гэты вызваленчы антышляхецкі рух у Беларусі, таксама як і на Ўкраіне, меў відавочную антыпольскую скіраванасць.
У 1648 г. казацка-сялянскае войска разбіла пад Рэчыцай харугвы Вялікага княства пад камандаваннем Валовіча, пад мястэчкам Горволь - атрад на чале з вартаўніком Мірскім. Паўсталыя занялі Гомель, Лоеў, Брэст, Бабруйск, Мазыр, Пінск, Тураў, Рэчыцу, Кобрын, Чачэрск і іншыя гарады і мястэчкі на поўдні і паўднёвым усходзе Беларусі. Жыхары гэтых гарадоў амаль не аказвалі супрацівы паўсталым. Шляхта, каталіцкае і ўнітарнае духавенства беглі ўглыб княствы. На барацьбу з паўсталымі кароль накіраваў 14-тысячнае войска, якое мела артылерыю. Атраду Мірскага атрымалася ўзяць Пінск. Больш трох тысяч мяшчан, іх жонак і дзяцей былі забіты. Затым войскі Вялікага княства ўзялі Брэст, Стары Быхаў, Слуцак. У Тураве ўсе жыхары, не паспелыя адысці разам з казацка -сялянскімі атрадамі, былі забіты. У Чачэрску па загадзе гетмана Я. Радзівіла полутораста казакам адсеклі правыя рукі, пяцьдзесят чалавек пасадзілі на кол, а астатніх жыхароў пасеклі. Жорстка расправіўся гетман і з жыхарамі Бабруйска, без супраціву адкрылым вароты горада. Васьмістам былі адсечаны рукі, сто чалавек пасадзілі на кол. Да сярэдзіны 1649 г. войскі Вялікага княства аднавілі кантроль над паўднёвай часткай Беларусі. Каб выправіць становішча, Б. Хмяльніцкі накіраваў у Беларусь атрады палкоўнікаў Голоты, Крычаўскага, Гаркуши і Побадайло. Аднак 30-тысячнае казацка-сялянскае войска 31 чэрвеня 1649 г. у бітве пад Лоевом было пабіта войскамі гетмана Я. Радзівіла. Пасля гэтага антыфеадальная барацьба на тэрыторыі Беларусі пахабная на змяншэнне. Спробы аднавіць яе летам 1650 і 1651 гг. былі падушаны войскамі Я. Радзівіла, пасля чаго казацкія атрады пакінулі Беларусь і накіраваліся на Ўкраіну.
Новыя бедствы на Беларусь абрынуліся падчас вайны Расіі з Рэччу паспалітай у 1654 - 1667 гг. У кастрычніку 1653 г. Земскі сабор даў згода прыняць Украіну пад уладу Расіі. Адначасова цар Аляксей Міхайлавіч абвясціў пра падрыхтоўку да вайны і пра сваё жаданне «ісці на сябра свайго польскага караля». Імкнучыся заручыцца падтрымкай беларусаў, царскі ўрад засылаў у Беларусь шматлікія граматы, разлічаныя на праваслаўнае насельніцтва. У іх царскі ўрад абяцаў шляхце і духавенству захаваць іх валадарствы і нават зрабіць новыя падараванні ў выпадку, калі яны пажадаюць служыць Маскоўскаму Васпану. Мяшчанству гарантаваўся вольны гандаль з рускімі гарадамі. Усім, хто будзе добраахвотна здавацца царскім войскам, абяцаліся палёгкі, падараванні і ўзнагароды. Такая палітыка прынесла свае плады.
У 1654 г. у Беларусь увайшло 100-тысячнае войска цара Аляксея Міхайлавіча пры падтрымцы казацкіх атрадаў І. Золоторенко. Яны разбілі войскі Вялікага княства пад Магілёвам. Пры падыходзе царскіх войскаў на яго бок перайшло мяшчанства Чавус, Крычава, Оршы, Копыля, Новага Быхава, Полацку. Апроч гэтага былі ўзяты гарады Друя, Мсціслаў, Віцебск, Гомель, Шклоў, Рэчыца, Прапойск. Разам з тым гарнізоны некаторых гарадоў аказвалі рускім войскам зацяты супраціў. Гомель прыйшлося абложваць сорак дзён. Слуцак і Стары Быхаў так і не былі ўзяты рускімі войскамі. У шэрагу выпадкаў якія супрацівіліся гарады руйнаваліся, а насельніцтва знішчалася. Больш дзесяці тысяч чалавек загінулі ў Мсціславе. Былі разбураны і спалены Рэчыца, Жлобін, Рагачоў і інш.
Падчас кампаніі 1655 г. царскія войскі захапілі Менск і сталіцу ВКЛ Вільню. У жніўні - кастрычніку 1655 г. былі заняты Гародня, Ліда, Наваградак, Іўе, Карэлічы, Нясвіж, Слупкі. Маскоўскі васпан стаў тытулаваць сябе «всея Великия і Малыя і Белыя Русі самодержцам». У такой сітуацыі гетман Я. Радзівіл пайшоў на падпісанне ў Кейданах (1655 г.) міждзяржаўнай уніі са Швецыяй, што азначала парыў умоў Люблінскай 1569 г. уніі з Польшчай. Але ўнія ВКЛ са Швецыяй у сувязі з раптоўнай смерцю гетмана так і не была рэалізавана. Умяшанне ў ваенныя дзеянні Швецыі супраць Рэчы паспалітай прывяло ў канцы 1655 г. да спынення ваенных дзеянняў у ВКЛ. У 1656 г. паміж Расіяй і Рэччу паспалітай было падпісана перамір'е. Часавае перамір'е мала ў чым змяніла становішча мірнага насельніцтва Беларусі. Занятыя царскімі войскамі беларускія землі ператвараліся ў правінцыі Маскоўскай дзяржавы. Каб выклікаць лаяльнасць мясцовага насельніцтва, цар пакінуў гарадам магдэбургскае права, раздаваў ахоўныя граматы, якія павінны былі ахоўваць ад гвалту маскоўскіх ратнікаў, падтрымліваў мясцовую шляхту, праваслаўную царкву. Нягледзячы на гэта злоўжыванні і здзекаванні царскіх ратнікаў, казакоў, шведаў сталі ўсеагульнай з'явай. Насельніцтва Беларусі трывала велізарныя людскія страты ад якія ўспыхнулі эпідэмій, гвалтоўнага перасялення жыхароў у Расію.
Спусташэнні, голад, масавая гвалтоўная выснова насельніцтва ў Расію прывялі да стварэння антымаскоўскага шляхоцкага апалчэння, узброеных атрадаў. У гэты працэс уключылася частка мяшчанства і шматпакутнага сялянства. Людзі сыходзілі ў лясы, бралі ў рукі зброя, стваралі партызанскія атрады. Яны вызвалілі частку невялікіх гарадоў: Лукомль, Чашнікі, Глыбокае. Мяшчане Магілёва, Шклова, Мсціслава, Дзісны, падняўшы паўстанні, выгналі маскоўскія гарнізоны.
У 1659 г. ізноў аднавіліся ваенныя дзеянні рэгулярных войскаў Рэчы паспалітай на тэрыторыі Беларусі, якія паступова адваёўвалі згубленае. Улетку ў 1660 г. пад Ляховичами была пабіта групоўка войскаў царскага ваяводы І. Хованского. У тым жа году на Магілёўшчыне была пабіта войска Юрыя Долгaрукaгa. У 1666 г. была вызвалена сталіца ВКЛ Вільні. Пад кантролем царскіх улад заставаліся раёны Падзвіння, Падняпроўя. Да гэтага часу абодва бакі знясілілі свае сілы і прыступілі да перамоў пра свет. У снежні 1667 г. у вёсцы Андрусово, каля Мсціслава, было падпісана перамір'е на трынаццаць з паловай гадоў. Беларусь засталася ў складзе Рэчы паспалітай. Смаленшчына, Чарнігаўшчына і ўсю левабярэжную Ўкраіну з Кіевам замацавала за сабой Расія. «Вечны мір», падпісаны ў Маскве ў траўні 1686 г. зацвердзіў існавалую на той час мяжу.
Войны з сярэдзіны XVII стагоддзі прынеслі беларускаму народу цяжкія пазбаўленні і страты. Загінула каля паловы насельніцтва Беларусі. У Мсціслаўскім, Полацкам, Віцебскам паветах пуставала да 70% сялянскіх хат. Колькасць насельніцтва Беларусі скарацілася з 2,9 млн. чалавек да 1,4 млн